Le Laboratoire Ampère est structuré par disciplines scientifiques en 3 « Départements de recherche » pérennes auxquels sont rattachés les chercheurs :
- Energie Electrique (EE) - Direction : C. Joubert
- Bio-Ingénierie (BI0) - Direction : M. Frénéa-Robin et G. Nicol
- Automatique pour l’Ingénierie des Systèmes (AIS) - Direction : E. Bideaux
Chaque chercheur met ses compétences au service d’une ou plusieurs « Priorités scientifiques », ces priorités sont actuellement les suivantes :