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Aurélie FAUGIER - 12/03/2010

par - 26 février 2010

Aurélie FAUGIER a soutenu sa thèse le 12 mars 2010 à l’Ecole Centrale de Lyon.

Titre : Diversité bactérienne des sols : accès aux populations à effectifs minoritaires « the rare biosphere »

Jury :

  • Directeur de thèse : P. SIMONET, Directeur de Recherche, Laboratoire AMPERE - Ecole Centrale de Lyon
  • Rapporteurs :
    • P. PEYRET, Professeur, UMR CNRS 6023 Microorganismes : Génome et Environnement
    • P. BAUDA,Professeur, LIEBE - UPV-M - CNRS UMR 7146 Campus Bridoux
  • Examinateurs :
    • S. GRIBALDO, Chargée de recherche, Unité de Biologie Moléculaire du Gène chez les Extrêmophiles (BMGE)
    • L. RANJARD, Directeur de Recherche, UMR CNRS/uB 5561 Biogéosciences - Université de Bourgogne
    • Y. DESSAUX, Directeur de Recherche, Institut des Sciences Végétales - UP40

Résumé :

L’exploration complète de la diversité bactérienne reste incomplète, due à des limitations techniques (extraction d’ADN incomplète, limites des techniques de caractérisation), à la complexité et l’hétérogénéité de la matrice sol (présence de microenvironnements) et à l’existence de populations numériquement faibles. Bien que ces populations minoritaires jouent probablement un rôle important dans le fonctionnement de la communauté, elles sont rarement détectées par les techniques conventionnelles.
Nos objectifs dans le cadre de ce travail de thèse ont été de développer des approches tant conceptuelles que techniques qui permettent d’accéder à un niveau plus important de la diversité bactérienne présente dans les environnements complexes comme les sols. La première approche a pour but de favoriser le développement de bactéries minoritaires grâce à l’inoculation de communautés bactériennes dans des sols stérilisés avec des propriétés physico-chimiques différentes, afin de confirmer ou d’infirmer le concept de Baas Becking « tout est partout et l’environnement sélectionne ». Les changements de structures des communautés bactériennes inoculées, sont analysés à l’aide de puces à ADN taxonomique nouvellement développées. Les résultats confirment clairement l’impact de l’environnement sur la structure des populations bactériennes. De plus l’analyse des puces à ADN révèle des bactéries précédemment non détectées, confirmant la présence de populations minoritaires et la possibilité d’augmenter leur abondance relative sous différentes conditions. La deuxième approche consiste au développement d’une souche bactérienne capable de capturer in situ des fragments d’ADN. Elle a pour but d’éviter l’étape d’extraction d’ADN. Cet outil est basée sur la construction d’un système de contre sélection positive permettant de sélectionner les clones ayant intégré des gènes d’intérêt.
Nos travaux montrent clairement qu’il est possible d’améliorer l’accès à cette « rare biosphere » sans toutefois pouvoir répondre entièrement à la question : est-ce que tout est partout ?

Voir en ligne : Document de thèse sur HAL

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