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Séminaire vendredi 20 juin à 10h à l’Ecole Centrale de Lyon, amphi 201.

par - 6 juin 2008

Séminaire vendredi 20 juin à 10h à l’Ecole Centrale de Lyon Amphi 201

Vers des méthodes d’analyse des régulations complexes du métabolisme chez les bactéries

Anne Goelzer présentera les grandes lignes de cette analyse et les perspectives ouvertes par ces travaux.

Anne Goelzer :
Ingénieur d’étude au laboratoire Mathématique, Informatique et Génome (MIG), Jouy-en-Josas, Institut Nationale de Recherche Agronomique

Doctorante au laboratoire MIG et au laboratoire Ampère, Ecole doctorale EEA, Ecole Centrale de Lyon

Résumé :
Les efforts continus des biologistes tout au long de ces 50 dernières années ont permis d’identifier les très nombreux mécanismes moléculaires permettant aux organismes vivants de s’adapter à leur environnement complexe et changeant. D’autre part la mise à disposition des génomes complets et d’outils biologiques et technologiques de plus en plus performants ont permis d’accéder sur certains micro-organismes “modèles” à une connaissance "quasi-exhaustive" de l’ensemble des mécanismes de régulation associés à certaines fonctions biologiques de la cellule. Pour ces organismes modèles, le degré de connaissance est suffisant pour envisager l’analyse globale de certaines fonctions biologiques comme par exemple celle attachée à la fonction métabolique. Cependant la traduction de ces mécanismes de régulation en modèles dynamiques conduit à construire et manipuler des systèmes de très grandes dimensions : environ 1200 ODEs uniquement pour le métabolisme central de Bacillus subtilis ! Par conséquent, des méthodes de simplification basées sur les propriétés structurelles des réseaux de régulation sont indispensables pour l’analyse de ces systèmes dynamiques.

Récemment, nous avons réalisé une première analyse systématique et systémique de l’ensemble des voies métaboliques de Bacillus subtilis intégrées dans un modèle de connaissance. Cette analyse a montré (i) la très grande intrication des réseaux génétiques et métaboliques et le rôle central et très largement sous estimé des pools métaboliques dans l’organisation générale de la régulation ; (ii) de définir une notion mathématique de modules élémentaires, basée sur l’intégration du réseau génétique et métabolique. Finalement, les outils d’analyse des systèmes combinés à la notion de modules permettent de réduire la complexité du système.

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