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MicroEngen III les 1 et 2 Décembre 2007.

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Séminaire de Reflexion organisé par le Laboratoire Ampère.
Invité d’honneur : James Tiedje, membre de l’US Academy of science, ancien Président de l’American Society of Microbiologie.

La génomique microbienne environnementale : une nouvelle discipline incontournable dans les années à venir.

  • En ce début de XXIème siècle, la microbiologie fait sa révolution.
    • Bénéficiant des grandes avancées des dernières décennies dans tout ce qui touche la biologie avec le prodigieux développement des sciences en « iques», génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique etc…, ce ne sont plus seulement les rares bactéries qui se développent in vitro (moins de 1%) qui sont étudiées, mais l’ensemble de cette extraordinaire diversité qui a colonisé depuis plus de 3 milliards d’années tous les écosystèmes de notre planète, même les plus inhospitaliers.
  • Une nouvelle approche dite « métagénomique ».
    • Abandonnant la vision Pasteurienne d’une multiplication clonale in vitro préalable à toute étude physiologique, biochimique ou génétique, la génomique microbienne environnementale cible directement le génome des bactéries dans leur environnement naturel.
    • Des méthodes ont été développées pour extraire l’ADN (et ARN) des bactéries du sol, de l’eau, du tube digestif, l’amplifier, le cloner, le séquencer. Cette approche dite « métagénomique » permet d’identifier les germes, de détecter de nouveaux phyla, de comprendre leurs modes d’évolution, d’adaptation et d’une façon générale de fournir des informations sur leur écologie et leurs relations avec les autres organismes peuplant ces écosystèmes.
  • Les bactéries inconnues : un réservoir de ressources naturelles.
    • De nouvelles molécules antibiotiques, antiprolifératives, antivirales et des enzymes aux propriétés les plus variées sont déjà produites à partir de ces gènes provenant de bactéries inconnues.
    • Ce réservoir de ressources naturelles est si important que son exploitation représente la meilleure garantie contre la pénurie de médicaments antibiotiques dont l’efficacité des gènes de résistance est actuellement compromise par la rapide et inquiétante dissémination parmi les bactéries pathogènes.

De la Génomique Microbienne Environnementale-à l’Ingénierie Écologique

  • L’ingénierie Écologique : les applications écologiques-des résultats en génomique microbienne
    • L’ingénierie écologique, qui se définit au sens strict comme la manipulation in situ de systèmes écologiques dans un contexte écosystémique explicite et qui désigne au sens large la gestion de milieux et la conception d’aménagements durables, est pleinement bénéficiaire des avancées en génomique microbienne environnementale.
    • Le succès des démarches visant à répondre aux trois objectifs de l’ingénierie écologique :
        • La réhabilitation d’écosystèmes dégradés, la restauration de communautés fonctionnelles, la réintroduction d’espèces.
        • La création de nouveaux écosystèmes durables qui ont une valeur pour l’homme et pour la biosphère.
        • La mise au point d’outils biologiques pour résoudre des problèmes de pollution, rétablir ou maximiser un service écosystèmic.
    • L’ingénierie Ecologique n’est pas envisageable sans la prise en compte de la diversité bactérienne dans les écosystèmes, du potentiel adaptatif et évolutif de cette communauté, des potentialités en termes de gènes fonctionnels présents et de la régulation de leur expression.
    • En contre partie l’implication active des microorganismes pour attaquer les problèmes environnementaux locaux et globaux multiples ne pourra se faire sans une synergie forte avec les sciences et technologies de l’ingénieur afin d’évaluer les besoins et les ressources par l’instrumentation des milieux, d’améliorer l’efficacité des traitements, et de concevoir les matériaux nouveaux qui maximalisent ces effets microbiens tout en minimisant la destruction de l’environnement.

SCOPE (Comité Scientifique sur les Problèmes de l’Environnement).
Cette organisation internationale non gouvernementale basée en France a été établie par l’ICSU (CIUS - Conseil International pour la Science) en 1969.
Elle a pour mission d’effectuer la synthèse et la revue critique de l’état des connaissances sur les problèmes d’environnement globaux, d’identifier les questions émergentes ainsi que les nouvelles priorités de recherche, et de formuler des propositions à l’usage des décideurs pour une gestion raisonnée des ressources terrestres.
Elle organise des séminaires internationaux de réflexion réunissant des chercheurs qui font autorité dans leur domaine.

Après Wageningen (Hollande) en 2004 et Shanghai (Chine) en 2005
MicroEngen III aura lieu à Lyon (France) le 1 et 2 décembre 2007.
Notre objectif vise à réunir une quarantaine de chercheurs de très haut niveau qui dominent la discipline au niveau mondial.